LE PHÉNOTYPE

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Rivalpo
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LE PHÉNOTYPE

Mensajepor Rivalpo » Mar Nov 27, 2012 7:01 pm

Salut,

dans les discussions entre cultivateurs, on désigne très souvent comme phénotype une plante (un individu) d'une lignée ou d'une variété. Qu'en est-il vraiment?

Le phénotype est l'ensemble des caractères observables résultant de l'expression des allèles (variation des gènes) d'un individu, mais il est aussi influencé par les facteurs environnementaux. Si le phénotype d'un individu évolue à cause de ces facteurs, on ne peut plus le considérer alors comme exprimant le même phénotype, puisqu'il y a eu des modifications dont certaines sont invisibles à l’œil nu. L'influence de l'environnement dans lequel la plante (ou l'animal) se développe et vit peut être un facteur déterminant.

Phénotype = génotype + environnement

Prenons un exemple simple, celui de deux frères jumeaux monozygotes ou “vrais jumeaux”. Cette situation survient lorsqu'un ovule est fécondé par un spermatozoïde, et que la cellule oeuf qui en découle se sépare en deux, formant ainsi deux embryons qui ont le même patrimoine génétique.

Imaginons qu' au cours d'une vie, les habitudes de l'un ou de l'autre divergent. Le premier mène une vie saine, vit à la montagne, travaille en tant que guide et se nourrit de produits bios; tandis que l'autre habite un centre-ville, travaille dans un bureau, mange au fast food ou des plats préparés, et ne pratique aucune activité physique: résultat, il prend 30 kilos en 40 ans. Cette évolution phénotypique est clairement visible; pourtant, malgré un génotype identique, les facteurs environnementaux ont contribué à transformer l'apparence physique d'un des jumeaux. Cependant, il n'y a pas que l'apparence visuelle (ou morphologique) qui intervient dans le phénotype. Ça se passe aussi au niveau physiologique, cellulaire et moléculaire.

Connaître le phénotype total (c'est-à-dire l'ensemble des phénotypes ou phénome) d'un individu demanderait de l'observer avec tous les outils d'analyse possibles et dans toutes les circonstances et environnements externes et internes possibles.

Pour en revenir à nos deux jumeaux monozygotes, visuellement, il est très simple d'observer la différence de poids. Par contre, il en sera autrement d' une éventuelle cholestérolémie, d'un cancer ou d'un diabète de type II causés par les mauvaises habitudes. Il faudra passer par des analyses biologiques pour les détecter. Au final, deux individus possédant un patrimoine génétique (génotype) identique vont aboutir à deux phénotypes différents à cause de l'influence des facteurs environnementaux.

Méthodes d’étude des différents niveaux de définition du phénotype:

-l’observation morphologique, anatomique, physiologique et comportementale permet l’étude du phénotype individuel (de chaque individu) ou phénotype macroscopique (Tout ce qui est visible)

-la microscopie optique ou électronique permet l’étude du phénotype cellulaire

- les techniques biochimiques (électrophorèse) permettent l’étude du phénotype moléculaire


En résumé, quand on se réfère à une plante (ou à un animal) on ne le désigne pas comme un phénotype, mais comme un individu exprimant un phénotype donné...qui peut évoluer et subir des modifications selon les conditions environnementales.
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Dricks
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Re: Le phénotype

Mensajepor Dricks » Mar Nov 27, 2012 8:11 pm

Salut
Intéressant explicite
pour dire j ai tout compris en 1 lecture :D
Merci

Izaak
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Re: Le phénotype

Mensajepor Izaak » Mar Nov 27, 2012 8:38 pm

Super Ricco, merci pour le partage amigo ;)

Tata
-High Zaak-

Rivalpo
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Re: LE PHÉNOTYPE

Mensajepor Rivalpo » Vie Feb 07, 2014 7:37 pm

Petit MAJ de ce topic.

Merci à High Tone qui grâce à ses interrogations et ses questions pertinentes me permet d'approfondir un peu plus ce sujet ;)


pour moi phénotype = variation entre deux individus de mm variété

C'est exact, mais c'est quand même un peu plus complexe que ça. Le phénotype global ** auquel tu te réfères, n'est jamais le même car il varie quand il est soumis à des environnement différents. On appelle ce phénomène "la plasticité phénotypique": la même plante cultivée dans des environnements différents exprimera des phénotypes différents. Plus précisément, certains caractères varieront (mutations) selon les conditions de culture de chaque cultivateur. En conséquence, le phénotype exprimé ne sera plus le même. D'ailleurs, en breeding de plantes, la sélection phénotypique (par observation du phénotype) est également appelée individuelle, car on ne s’intéresse qu’à l’individu lui-même ;)

Plasticité phénotypique

Les plantes ne pouvant se déplacer, elles ne peuvent fuir des conditions de milieu défavorables. Elles possèdent donc une capacité importante à s’adapter à leur environnement grâce à la plasticité de leur phénotype (ensemble des caractères visibles d’un individu). En effet, un même génotype (ensemble des informations portées par les gènes d’un individu) va produire des phénotypes différents dans des environnements différents.

Des études sur le Lin, le Sorgho et l’Epicéa montrent qu’il existe une « mémoire » de cette plasticité qui peut se transmettre d’une génération à une autre. Une autre étude est actuellement menée sur le Blé tendre et cherche à rechercher les conditions d’une adaptation par plasticité et d’évaluer son importance pour la sélection de variétés locales
Source : Inra - AgroParisTech - Versailles).

** Qui exprime l'ensemble des caractères. A ne pas confondre avec le phénotype restreint à un seul caractère (ex. sativa ou indica, THC ou CBD, purple ou vert, etc...) auquel se réfèrent souvent les breeders dans les descriptifs de leurs variétés.



Donc si j'ai bien écouté -> phénotype individuel : différentes expressions d'un individu en fonction de son environnement.
Phénotype global = Génotype ? -> Variations entre les individus d'une même lignée.
J'ai bon,?


Le phénotype total ou individuel (de chaque individu) appelé phénotype macroscopique correspond à l'ensemble des caractères exprimés par l'individu, végétal ou animal.

En génétique et en sélection, on parle de phénotype dans un sens plus restreint qui correspond uniquement aux caractères étudiés ou désirés. En général, il est réduit à un, deux ou trois caractères seulement; par exemple, les yeux bleux et les cheveux blonds chez l'humain, la forme des pois (lisse ou ridé) et la couleur des fleurs (blanche ou rouge) de Mendel, ou la morphologie sativa-indica d'une plante de cannabis.

La plasticité phénotypique provoquée par l'influence de l'environnement ne va pas modifier l'ensemble du phénotype (l' ensemble des caractères) mais juste un seul, ou quelques-uns seulement. Néanmoins, à partir du moment où un seul des caractères a subi une modification (mutation), on dit que ce n'est plus le même phénotype. D'où l'affirmation qu'un génotype (l'ensemble des gènes d'une personne, d'une plante ou d'un animal) peut exprimer plusieurs phénotypes.

Il est important de bien faire cette distinction entre le phénotype dans sa globalité et le phénotype restreint à un -ou à quelques caractères- pour bien comprendre le sens de ce terme et l'utiliser à bon escient. Remarque, tant qu'on reste dans le milieu des forums de cannabis, ça n'a pas trop d'importance, mais si on commence à s’intéresser à la sélection et à l'élevage de chiens, de chats ou de rats, pour prendre quelques exemples, il vaut mieux connaître le sens des termes qu'on emploie et arrêter de désigner un individu comme étant un phénotype, mais comme un individu exprimant un phénotype donné, souvent réduit à quelques caractères, avec la possibilité d'en exprimer un autre différent selon l'influence de l'environnement.

J'espère que c'est un peu plus clair pour toi, amigo. Mais, de toute façon, ne t'en fais pas trop car la confusion est largement partagée dans les forums, donc à la limite c'est plutôt moi qui passe pour un mec chelou :lol:


Donc si j'ai bien suivi, un phénotype s'est un détail particulier, par exemple la couleur "ya le phéno green et le phéno purple" donc plusieurs individus qui ont un génotype unique peuvent être regroupés par phénotypes, j'ai bon ? J'ai un peu plus de mal à comprendre qu'un individu est plusieurs phénotypes suivant environnement même si j'ai pu le voir par moi même, j'ai un "cut" qui a pas tjrs le même gout et la meme odeur de fumé, j'en discutais avec JGL et c'est là que j'ai entendu parler de cette histoire d'exprimer des phéno différents en fonction de l'env alors que dans ma tête phénotype = génotype.


Comprendre le phénotype et le génotype c'est assez simple en fait. On possède tous un génotype qui nous est propre et qui englobe tous nos gènes. Point très important: chaque gène possède deux ou plusieurs versions (toujours par paires) de lui-même: les allèles.

Les allèles, c'est donc des gènes, mais en versions différentes. C'est justement l'expression de ces allèles qui va afficher des caractères visibles et mesurables --> le phénotype.

Le phénotype englobe tous les traits qui définissent notre apparence physique, mais aussi notre identité biologique. La nature aimant complexifier un peu les choses, toujours dans le but de favoriser un maximum de diversité au sein d'une même espèce (à ce niveau là, homme ou cannabis, c'est kif-kif), en plus de l'expression des allèles, le phénotype est également tributaire des conditions environnementales.

Donc, pour résumer, dans l'expression du phénotype non seulement interviennent nos allèles, mais aussi l'influence de nos conditions de vie: notre environnement, le type de nourriture, nos loisirs (activités physiques ou pas) nos vices^^ (fumer et/ou boire) etc...

Les caractères qui sont soumis à l'influence des facteurs environnementaux sont nommés caractères quantitatifs, tout simplement parce qu'on peut les quantifier. Ceux qui ne changent pas sous l'influence de ces facteurs, comme la couleur de nos yeux par exemple, sont nommés caractères qualitatifs et se transmettent de manière strictement mendélienne (F1 F2 F3...). Outre la couleur de nos yeux, on peut également prendre pour exemple la couleur rouge de la belle de nuit qui ne changera jamais quelles que soient les conditions environnementales.

Un bon exemple de caractère quantitatif dans l'expression du phénotype chez l'homme, c'est la musculature. Elle est définie génétiquement, mais on peut la développer en pratiquant des activités sportives, notamment de la musculation.

Si on prend l'exemple de deux vrais jumeaux (des jumeaux zygotes ) qui possèdent le même génotype et donc les même allèles, on observera au bout d'un moment une différence de phénotype entre celui qui ne pratique pas de muscu, et l'autre qui en pratique intensément. On peut alors affirmer que le même génotype a donné lieu à deux phénotypes différents sous l'influence de facteurs environnementaux.

Si on fait le rapprochement avec le cannabis, en prenant pour exemple deux boutures issues du même PM, qui possèdent logiquement le même génotype, et qu'on en cultive une dans des conditions optimales, tandis qu'on soumet l'autre à des conditions adverses, on observera des différences flagrantes dans la taille, la production, la couleur des feuilles, la résistance aux maladies, etc... A ton avis, pourra-t-on dire que les deux clones expriment le même phénotype (ou que c'est le même phéno en jargon forumeur) ?
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Rivalpo
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Re: LE PHÉNOTYPE

Mensajepor Rivalpo » Mar Feb 11, 2014 10:30 am

Pour illustrer mes commentaires, voici quelques exemples -pris au hasard dans les descriptifs de variétés de différents breeders-
de phénotypes restreints à un ou deux caractères. Les exemples ne manquent pas, j'en aurais pu citer plusieurs dizaines.

Nous pourrons différencier deux phénotypes bien prononcés, reconnaissables à l'oeil nu par leur taille, l'un moyen et l'autre petit.
Phénotype restreint à la taille

Il existe un phénotype possédant une période floraison plus courte, qui peut se repérer par les tonalités pourpres qu’il présente
Phénotype restreint à la floraison précoce et à la couleur (des feuilles et/ou des calices)

Le père Jack The Ripper offre une bonne stabilité au croisement, même si nous pourrons distinguer 3 phénotypes en ce qui concerne la hauteur des plantes
Phénotype restreint à la taille

La Irie exprime deux phénotypes, l'un plus Indica et compact recouvert de résine ( 75Jours) et l'autre plus élancé type Sativa pour lequel la résine tardera un peu plus à arriver
Phénotype restreint à la morphologie indica-sativa



Maintenant, voici justement le genre de définition du terme phénotype qui prête à confusion pour deux raisons que j'explique après:

L’hybridation d’une plante Sativa et d’une Indica donne souvent des résultats forts différents dans chaque semence récoltée. Certaines seront à dominance Indica, d’autre seront clairement plus Sativa, ces différentes plantes issues du même croisement seront appelées phénotypes.(Ex. 1)

En choisissant un phénotype, ou en le recroisant, on arrive à des resultats offrants les effets, le goût, le temps de floraison ou l’arôme recherché. Il peut être utile de s’informer sur la dominance en Sativa ou en Indica d’une génétique ou d’un phénotype pour prévoir les effets que donnera la consommation d’un cannabis. (Ex. 2)
Source


Ex.1- il ne s'agit une fois de plus que du phénotype restreint à la morphologie sativa-indica

Ex. 2- contrairement à l'exemple 1 restreint à un seul caractère, on se réfère ici à un phénotype beaucoup plus large puisque il englobe à la fois la morphologie, la dominance sativa ou indica, les arômes, le goût, le temps de floraison et les effets. En revanche, on ne tient pas absolument compte de la plasticité phénotypique, puisque la même plante cultivée dans des conditions différentes aboutira à un phénotype différent.
On le remarque d'ailleurs très souvent quand on cultive un clone en indoor et outdoor, au point que les différences sont parfois assez clairement marquées au niveau de la morphologie, des arômes ou même de la quantité et de la qualité de la résine (sous l'action des rayons UV du soleil, voir mon post du 01 Feb 2012 11:23
.
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Re: LE PHÉNOTYPE

Mensajepor buddy » Mar Feb 11, 2014 3:28 pm

Salut,

Merci pour les exemples et les petites nuances sur les termes. Bon, maintenant on a plus d'excuses pour employer les mots à tord et à travers quoi. :)

A ce train, c'est quand que tu nous écrit une petite brochure avec les bases de la génétique et de la sélection? Je suis sûr qu'avec tout ce que tu as déjà écrit, y'a déjà une bonne partie de rédigée. ;)

Rivalpo
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Re: LE PHÉNOTYPE

Mensajepor Rivalpo » Mar Feb 11, 2014 5:55 pm

Salut amigo,

au-delà de la bonne utilisation de ce terme, l'important c'est de bien comprendre ces nuances pour éviter les confusions. Après, c'est vrai qu'on ne va pas changer les mauvaise habitudes acquises sur les forums, au risque de passer pour un donneur de leçon. Mais au moins, l'info est là pour les cultivateurs qui voudraient approfondir leurs connaissances.

A ce train, c'est quand que tu nous écrit une petite brochure avec les bases de la génétique et de la sélection? Je suis sûr qu'avec tout ce que tu as déjà écrit, y'a déjà une bonne partie de rédigée

Merci, c'est très sympa de ta part :D En fait, je me pose souvent la question de savoir si les sujets de génétique intéressent vraiment la plupart des cultivateurs. J'ai l'impression que c'est assez pointu et par conséquent assez rébarbatif pour beaucoup de monde. C'est d'ailleurs pour ça que j'ai arrêté l'explication de la transmission du phénotype chimique chez Cannabis sativa L. Pour comprendre sa transmission il faut avoir obligatoirement acquis les notions de dominance, de codominance et de récessivité des allèles et comprendre ce que signifie ségrégation, marqueur, locus, génotype hétérozygote ou homozygote, etc... Si on ne maitrise pas parfaitement ces notions et ces termes, ça devient vite incompréhensible.

A plus
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Re: LE PHÉNOTYPE

Mensajepor buddy » Mar Feb 11, 2014 8:27 pm

Re,

Tu l'as bien cherché le compliment, avec toutes ces explications. :D

En tout cas c'est toujours assez confus dans ma tête (c'est clair que c'est un sujet complexe, technique et qui peut être rébarbatif), mais j'ai l'impression d'avancer en lisant tes messages.

Plus sérieusement, changer les mauvaises habitudes des fofos, c'est sûr que c'est un objectif qui paraît ardu. Après j'imagines que ça dépend des forums. Changer ces habitudes quelque part c'est un peu comme la légalisation, un travail long et lent. ;)

Disons que pour te répondre, je penses pas que la compréhension des mécanismes de la génétiques intéresse la majorité des cultivateurs. La plupart j'ai l'impression sont juste intéressé par faire pousser des graines (fem ou auto pas mal, ça dépend de la mode), et s'en foute de claquer des centaines d'euros.
Le milieu des cannabiculteurs et cannabicultrices, c'est un peu comme le reste de la société à mon avis. Normal, il sort pas de nulle part, même si il est un peu hors norme du fait de l'illégalité. Y'en a une bonne partie pour qui consommer suffit, et qui cherchent pas à en savoir plus, à s'autonomiser un peu plus.

Quand je vois sur certains fofos bien connus les sommes que les gens peuvent claquer dans divers aditifs... Mais des fois aussi certains ou certaines au bout d'un moment finissent par franchir le pas, pour diverses raisons. Un des pas notamment j'ai l'impression c'est quand les cultivateurs ou cultivatrices commencent à se faire leur propre cross sérieux.

L'info elle est là, et c'est clair que c'est utile et précieux. Mais c'était qu'à moitié une blague quand je parlais de brochure. Parce qu'elle est aussi un peu fragmentée, il faut fouiller, ça demande pas mal d'effort. Une petite brochure qui synthétise tout ça, avec des définitions claires, une progression pédagogique, ça aiderait d'un côté sans doute à ce que ce savoir circule encore plus dans les communautés. Et qu'à terme les confusions s'estompent.

Bon après écrire et mettre en page un brochure bien foutu, c'est aussi un sacré taf, je veux pas spécialement t'inciter à te jetter là dedans hein. :D

En tout cas perso je serais content d'avoir ce genre de lecture, et de filer un coup de main pour que ça existe. Mais ptet c'est déjà le cas.

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Re: LE PHÉNOTYPE

Mensajepor Rivalpo » Vie Feb 21, 2014 2:32 pm

Salut,

je continue sur le sujet du phénotype en répondant à l'ami Regliss qui a remarqué que ses deux Malawis revégétées ont donné des clones qui ont exprimé des têtes moins compactes que les mères dont ils sont issus (voir topic Malawi)

Chez moi, les seules qui mon fait des fleurs aérées et très fluffy sont les deux qui ont revégété.

Je profite de ce constat de ta part pour rebondir sur le sujet du phénotype (toujours dans un but purement pédagogique hein :lol: )

Voilà précisément un excellent exemple d'une plante qui exprime un phénotype différent de celui qu'il avait exprimé au départ (un même génotype qui exprime plusieurs phénotypes). Bien que ce soit toujours la même plante, ce n'est plus le même phénotype puisque le caractère "densité des grappes florales" a subi une modification (une mutation)


je vais bientot mettre des boutures du phéno que j'ai gardé en flo

Si on suit l'exemple précédent, ce serait plutôt génotype que phénotype en l’occurrence, puisqu'il s'est exprimé dans les conditions environnementales propres à ton espace de culture et à ta manière de cultiver. Il peut très bien subir une modification d' un, ou de plusieurs, caractère(s) s'il est cultivé sous un autre environnement spécifique aux conditions d'un autre cultivateur, ou tout simplement en extérieur.

En réalité, on sélectionne avant tout des individus (des génotypes) qui expriment un phénotype donné dans des conditions de culture propres à chaque environnement. Imagine que tu refiles un de ces clones à JGL par exemple, qui cultive en hydro, sous une 600w, avec ses propres engrais, son style de culture personnel (et talentueux). Je suis persuadé qu'il affichera des différences phénotypiques visibles si on le compare avec le même clone cultivé chez toi ou chez moi ;)

Ce qu'on appelle la sélection phénotypique -ou sélection massale- c'est la sélection à chaque génération d'un nombre d'individus selon la supériorité de leur phénotype -pour ou les caractères qui font l'objet de la sélection- par rapport à la moyenne d'une population. Elle est efficace pour les caractères qualitatifs (aussi appelés caractères Mendéliens) qui ne varient pas, mais plus compliquée pour les caractères quantitatifs (ex. teneur en THC de chaque plante d'une variété) qui subissent des variations sous l'influence de l'environnement.

C'est ce qui explique, que de nos jours, en sélection des plantes, on sélectionne plutôt des génotypes que des phénotypes, ce dernier n'étant que le reflet du génotype. Car, en fin de compte, c'est bien le génotype qui interagit avec l'environnement. Le résultat de cette interaction, ainsi que de l'expression des gènes, se reflétera finalement dans les différents phénotypes qu'il exprimera,

Il faut bien comprendre qu' à cause de sa plasticité, le phénotype n'est pas assez fiable pour faire l'objet de sélections. En revanche, l'étude du génotype va déterminer son potentiel (valeur sélective, aptitude à la combinaison, réaction au différents stress, phénotypes exprimés, etc....), ce qui est essentiel et primordial dans un programme de sélection.

Pour conclure, il est clair que l'on pratique la sélection individuelle de phénotypes quand on ne possède aucun autre moyen de sélection que les yeux :mrgreen: Ça prouve quand même la limitation des moyens que possèdent les breeders de cannabis par rapports aux autres sélectionneurs et ça explique également pas mal de choses. (edit 2019: cette pratique est en train de changer voir Science du cannabis

Par contre au niveau de prix de leurs semences, c'est plutôt le coup de marteau: investissement minimum, prix maximum :lol:
J'avais fait une expérience en pesant une dizaine de graines, puis j'avais comparé avec le prix du gramme de l'or 18 carats. Le résultat était édifiant: au poids, elles étaient aussi chères, voire plus, que l'or.


PS: si le sujet t'intéresse et que t'aimerais en savoir plus, parcours ce doc en formar PDF qui traite des bases de la création variétale et de l'amélioration des plantes. Il est simple à appréhender et apporte un éclairage très intéressant sur la sélection de plantes (plant breeding en anglais) en abordant des sujets tels que l'origine des plantes cultivées, les objectifs de l'amélioration, l'adaptation des variétés, l' uniformité et la plasticité des variétés, la diversité génétique, la conservation de la diversité, la sélection et l' hybridation, la sélection de lignées, la consanguinité et la dépression, l' hétérosis, l' aptitude à la combinaison, la sélection massale, etc...

Juste pour le fun, compte les fois que le terme génotype est utilisé par rapport au terme phénotype ;)
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Regliss
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Re: LE PHÉNOTYPE

Mensajepor Regliss » Mar Mar 04, 2014 9:54 am

Salut,

Merci pour ce post très instructif.
Je m'aperçois qu'il est difficile d' utiliser le bon language au quotidien et en pratique. Pourtant les définitions se comprennent assez facilement,
mais la difficulté est plus dans l'assimilation et l' appropriation des concepts.
Il faut un peu lutter contre ce formatage. Dans mon cas qui ait un cursus agricole à l'origine( niv bta :oops: ) quand j'ai commençé à lire le doc
pdf, ca m'a rapellé beaucoup de chose même si chez moi c'était plus axé elevage/cultures fourragères, les bases sont les mêmes.
Survoler un doc de 200 pages sur l'agronomie ...pas évident, il faut le lire tranquille, ce qui reviens chez moi à survoler :lol: et j'ai pas encore fini ..

Pour le prix des graines, je me souviens de ton topic sur cannaway :) , mais là, ca n'a plus de sens pour moi, c'est du pur bizness, triste.
Je m' y connais pas assez en génétique pour juger le travail des breeders mais, grâce à tes explications, j'ai quand même une petite idée de l' étique qui régne dans le domaine :lol:
Pour en revenir au phénotype, on utilise trop ce mot pour désigner la plante en général, peut être parce qu'on a du mal à considérer la plante comme un être vivant avec des gènes. C' est un peu fumeux ce que j'avance...

A+


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